Sämtliche Features des Spiels wurden erneuert und überarbeitet. So verfügt Pro Evolution Soccer 2 nun über insgesamt drei verschiedene Dribbling-Möglichkeiten, während das Schuß- und Paß-System überarbeitet wurde, um es noch individueller und realistischer zu gestalten.
Auch der Sportartikel-Hersteller Umbro wurde erneut in die Entwicklung mit einbezogen – sämtliche lizensierten Umbro-Produkte wie Schuhe und Bälle sind im Spiel vorhanden. Um die virtuellen Nachbildungen der Fußball-Weltstars so echt und lebensnah wie möglich aufspielen zu lassen, wurden die Kicker in Pro Evolution Soccer 2 mit spielerischen Fähigkeiten ausgestattet, die sich in mehr als 25 verschiedenen Eigenschaften äußern, wie etwa Angriffslust, Gleichgewicht, Durchhaltevermögen, Schußstärke oder Paßgenauigkeit. Diese Nuancen summieren sich zu digitalen Fußballern mit völlig unterschiedlichen und damit lebensechten Fähigkeiten und Spielweisen. Darüber hinaus erlaubt es die Player Create-Option in Pro Evolution Soccer 2 Spieler zu erschaffen, die hinsichtlich ihres Aussehens und ihrer Stärken absolut individuelle Eigenschaften besitzen – bis hin zur Zuordnung von 19
weiteren, spezifischen Fähigkeiten. Die neu geschaffenen Spieler können anschließend in die neue Master Liga implementiert werden.
Ein weiterer herausragender Aspekt bei Pro Evolution Soccer 2 ist die neu gestaltete Master-Liga mit einer Vielzahl überraschender Möglichkeiten. So fügte Konami TYO eine dritte Liga zu den bereits bestehenden beiden hinzu sowie ein neues Vertrags-System, mit dessen Hilfe die Spieler Verhandlungen mit einzelnen Kickern durchführen, wenn sie diese ihrem Team hinzufügen möchten. Außerdem finden Pokalspiele während der Master Liga-Saison statt, und die Rotation innerhalb der Mannschaft während einer Saison ist nun einer der
Schlüssel zum Erfolg, wenn es darum geht, einzelne Spieler zu schonen und
gezielt einzusetzen. Weitere Neuerungen beinhalten einen umfassenden Trainings-Modus, während es gleichzeitig die enorme Bandbreite an Optionen dem Spieler erlaubt, nahezu
jeden einzelnen Aspekt innerhalb des Spiels nach Belieben zu verändern – bis hin zum Design der Club-Abzeichen und -Ausrüstungen.